Основания для налоговых претензий
Федеральная налоговая служба предъявила претензии к порядку применения налоговых льгот примерно пятидесяти компаниям, ранее имевшим статус резидента инновационного центра «Сколково». Вопрос возник у организаций, которые, утратив право на «сколковские» преференции в течение года, попытались перейти на льготную ставку по налогу на прибыль, предусмотренную для аккредитованных IT-компаний.
Формальный подход к переходу на IT-льготы
Резиденты «Сколково» традиционно освобождаются от уплаты налога на прибыль и налога на имущество, а также имеют пониженные тарифы страховых взносов. Однако эти преференции перестают действовать после превышения лимитов: годовой прибыли в 300 миллионов рублей и выручки в 1 миллиард рублей. В последнее время контроль за соблюдением условий применения этого спецрежима со стороны ФНС ужесточился.
Налоговые органы проверяют несколько ключевых аспектов. Первый — соответствие реальной деятельности компании заявленному направлению, например, разработке и коммерциализации программного обеспечения. Второй — анализ возможного дробления бизнеса на несколько юридических лиц для сохранения льгот. Третий касается порядка выхода из-под действия льгот «Сколково» после превышения установленных финансовых порогов.
Досудебное урегулирование споров
Основная претензия ФНС к упомянутым компаниям связана с совмещением режимов. Налоговики придерживаются позиции, что если организация потеряла право на льготы «Сколково» в середине календарного года, она обязана до конца этого года платить налог на прибыль по общей ставке в 25%. Перейти на льготную IT-ставку в 5% она сможет только с начала следующего года.
Ранее, до 2025 года, такая практика перехода не вызывала массовых вопросов. Прямая законодательная норма, запрещающая совмещение «сколковских» льгот по налогу на прибыль с IT-льготами по страховым взносам, была закреплена только с 2026 года. Тем не менее, налоговые органы уже с 2025 года начали отказывать в применении IT-ставки компаниям, утратившим статус резидента «Сколково» в течение года, ссылаясь на недопустимость совмещения.